Sobre las misiones, lo que te ha dicho astot, e incluso te agrego un dato extra: incluso cuando estés JUSTO ANTES del Final Boss, igual puedes recular e ir para atrás mediante esta mecánica para seguir explorando y haciendo misiones. Explicar más sería entrar en spoilers GORDOS, así que mejor dejarlo ahí y quedarte con que, en resumen, sí se puede.
En cuanto a magias: a mí personalmente me ayudaron un montón entre los niveles 20 y 60 con los grupos de soldados magitek esos tan bonitos que ya has mencionado anteriormente (xD), o con alguna hunt de grupo grande. No especialmente porque me faltara poder de fuego (puedes conseguir la Ultima Blade y buenas opciones de dagas y espadones desde el Cap. 3), sino por el hecho de que si los tienes todos juntos apenas spawnean, y les das con un elemento que son débiles, es muy posible que los mates a todos o los hieras bastante con un solo casteo, facilitándote el trabajo posterior.
Lo que es la rama de doble/triple hechizo y limit break, eso sirve más para cuando ya estás en el post-game o cuando estás en niveles de hunts 8+, que te comienzan a caer bichos de Lvl 70+, a veces en grupos, y por simple ahorro de esfuerzo y tiempo les das con magia. Doble/triple para ahorrarte tiempo de ir entre campamentos buscando energía, y limit break porque relativo a su HP a esos niveles, sin ese nodo no les sacas nada (10k para un HP total de 200+k, por ejemplo). El resto del árbol, si tienes los AP, desbloquealo completo que no cuesta tanto y vas tirando.