A ver yo creo que los hechos ocurrieron mas o menos así:
1. Kaguya e Isshiki llegaron a la tierra con el objetivo de drenar el planeta y conseguir mas poder. Los ninjas aún no existian, pero si los humanos obviamente.
2. Kaguya se enamora de un humano y ya no le interesa el plan principal de los Otsutsukis, por lo tanto a traición ataca a Isshiki para matarlo y que no le de problemas. Aún así Isshiki consigue sobrevivir gracias a que implanta el Karma en el budista Jigen.
3. Kaguya hace su vida y es entonces cuando nacen de la unión de Kaguya y el humano, Hagoromo y Hamura. Y así se crean los ninjas, y los Otsutsukis de la luna.
4. A Kaguya se le va la pinza con el fruto y sus hijos tienen que sellarla, pero aún deja su voluntad que es Zetsu. Tambien ella quería un ejercito por si la llegada de Momoshiki a la tierra le suponia un problema. Ella sabia que se había saltado las normas de los Otsutsukis, por lo que tenía que preparar algo para poder hacer frente por si se encontraba una amenaza.
Todo ese tiempo obviamente Isshiki no puede hacer nada mas que mantenerse con vida porque quedó en estado lamentable, entonces va planeando su venganza para volver a tener el objetivo principal que era el de drenar el planeta.
Pues tiene todo el sentido del mundo eh, muchas de las veces los personajes de los mangas se mueven por el Amor. ejem ejem Obito ejem...
Y sabemos que Kaguya tuvo dos hijos asi que obviamente tuvo que tener relaciones con un humano, que fue así como se crearon los ninjas. Por lo tanto es bastante coherente toda esa historia de que Kaguya se enamora y ya no quiere saber nada de los objetivos Otsutsukis...
Todavia me veo a Sasuke y a Naruto trayendo de nuevo a Kaguya para que les ayude